近年來有機農業永續耕作及有機蔬果，是微生物應用在農業上的成果，為了有效的去除環境中有毒物質的污染，使用微生物降解環境中有毒物質也成了防治環境污染最 重要的方法之一了。有益土壤微生物除了轉變有機質為肥份之外，它對促進植物生長貢獻甚巨。
茲將綜合活性酶的代表微生物簡介如下：
- 光合成菌群 (Photosynthetic Bacteria Series)
製造葡萄糖，分泌類胡蘿蔔素。消除硫化氫、氨氣(解毒造肥)等有毒物質產生。光合成菌含有光合色素，利用太陽能生長繁殖，通過代謝功能將周圍環境中的有機物轉化成為新的微生物細胞及無機物如：CO2、N2、銨鹽、H2S等，因此在自然界中對C、N、S的循環作用，扮演著重要的角色。光合成菌菌體富含蛋白質、維生素及各種生理活性物質，對促進生物生長、淨化環境都能起很大的作用，在土壤中光合細菌能明顯促進放線菌、固氮菌、VA菌根菌等微生物的生長，因此可提高作物的光合強度、增加土壤肥力、改善植物營養，抑制植物病蟲害，克服連作障礙。
- 乳酸菌群 (Lactobacillus Series)
分泌有機酸，提高植物抗病力。攝取光合細菌產生的物質，分解在常溫下不易分解的木質素和纖維素，使未腐熟的有機物發酵，轉化為動植物有效的養分。它具有很強的殺菌功能，能顯著抑制有害微生物的活動。
- 酵母菌群 (Yeast group Series)
製造維生素、生長促進素、分解有機物，增強抗病力。酵母菌體富含蛋白質和維生素，發酵有機物質後，蛋白質、維生素、氨基酸、生物活性等大幅提高，是飼料中重要組成成份，對土壤中的有機物、根系分泌物、光合細菌製造的有機物等，進行發酵分解，有利於土壤有效養分的轉化與吸收，發酵產物中的生理活性物質，能促進動植物的生長。
- 固氮菌群 (Nitrogen Fixing Series)
固定自然界氮分子為氮源，製造肥份。利用固氮微生物自有的固氮酶，把占空氣中約80%的氮氣轉化為氨態氮被植物直接吸收利用，較之化肥氮30%左右的利用率，它大部份被植物直接利用，且不污染環境。
- 放線菌群 (Actinomyces Series)
常期分泌定量抗生物質，抑制病害。廣泛存在於土壤中，多數為腐生，從光合細菌中獲取氨基酸，氨素等作為基質，產生各種抗生物質抑制病原菌，控制病害發生，它能調節土壤微生物區系，分解土壤中的複雜有機物質，加速養分的轉化。
- 溶磷菌群 (Phosphoric acid Releasing Series)
解開土壤不溶性磷酸鹽轉為磷、鐵、鈣肥。產生多種有機酸與不溶性之鐵、鋁、鈣等結合，形成可溶性複合物，促進土壤使用化肥後殘留的大量無效磷之溶解，供植物體吸收利用。磷肥是屬於植物大量的必要元素，因此，溶磷菌的特別分泌物可以使固定的磷肥再次溶解進入生態循環，所以它可幫助土壤恢復活性，磷肥肥效提高後，對作物的生長有很大的助益。
- 硝酸菌群 (Nitrifying Bacteria Series)
轉變有毒氨氣為硝酸態氣，供植物吸收。把土壤中的氨態氮轉化為亞硝酸態氮，再轉化為易被植物吸收且不易危害作物生長的硝酸態氮。
- 生長菌群 (Growth Factors Producing Bacteria Series)
長期分泌定量植物生長荷爾蒙，促進根、莖、葉茁壯生長。能製造植物生長內源激素，如吲哚乙酸(IAA)，細胞分裂素(CTK)乙酸等，這些物質之主要作用為促進植物莖鞘細胞之伸長及促進根的生長、成長的調節等。
【瑞克，整理2012/04/04】
